經(jīng)皮腎鏡碎石取石以后會出現(xiàn)相關(guān)的并發(fā)癥，一般并發(fā)癥包括術(shù)后的短期發(fā)熱，輕度的尿路感染，術(shù)后通道區(qū)域的疼痛，術(shù)后肉眼血尿等等，對患者影響較小。術(shù)中包括的大出血，胸膜或者腹腔臟器的損傷，脾、結(jié)腸、肝臟、膽囊灌洗液大量的回吸收，腎盂的穿孔、感染、敗血癥；術(shù)后包括經(jīng)皮腎鏡通道的疼痛，延遲性的大出血；術(shù)后晚期并發(fā)癥包括腎臟功能受損，腎周圍尿源性的囊腫。經(jīng)皮腎鏡嚴(yán)重的，在手術(shù)當(dāng)中就可能引起死亡。術(shù)中大出血，轉(zhuǎn)為開放手術(shù)；術(shù)后大出血，大部分經(jīng)過介入治療有可能止住。穿刺損傷胸膜引起的氣胸、腹腔臟器的損傷，脾、肝、膽囊，腎盂的穿孔，全身感染等等。這些并發(fā)癥都應(yīng)該引起患者和手術(shù)者的高度重視，及早發(fā)現(xiàn)和及時處理最為關(guān)鍵。

德國有學(xué)者報道了1000例經(jīng)皮腎鏡手術(shù)，結(jié)果發(fā)現(xiàn)，術(shù)中的并發(fā)癥可以達(dá)到有83%，其中尿外滲7%左右，需要輸血的大概占到11%~18%，術(shù)后發(fā)熱大概占到20%~30%，嚴(yán)重感染致敗血癥的高達(dá)5%，穿刺損傷的可以達(dá)到接近1%，胸膜損傷能達(dá)到3%。由此可見嚴(yán)重的并發(fā)癥發(fā)生率，還是有一定的發(fā)生情況，要嚴(yán)加的觀察注意。