北京大學第三醫(yī)院（北醫(yī)三院）在多個科室領(lǐng)域具有顯著優(yōu)勢，以下是其最擅長的科室：
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骨科 ：北醫(yī)三院的骨科是國家臨床重點?？?，尤其在運動創(chuàng)傷和腰間盤手術(shù)方面具有很高的聲譽。
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運動醫(yī)學科 ：作為國內(nèi)最早成立且唯一的中國奧委會指定運動員傷病防治中心，北醫(yī)三院的運動醫(yī)學科在運動員傷病治療方面具有顯著優(yōu)勢。
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生殖醫(yī)學中心 ：北醫(yī)三院擁有國內(nèi)最強的脊柱外科和亞洲最大的生殖醫(yī)學中心之一，其生殖醫(yī)學科也是國家臨床重點?？啤?/p>
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眼科 ：北醫(yī)三院的眼科在眼外傷及眼科疑難重癥的診治方面處于國內(nèi)領(lǐng)先水平。
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心血管內(nèi)科 ：在冠心病介入治療、急性心肌梗死“綠色通道”及臨床與基礎(chǔ)協(xié)調(diào)發(fā)展等方面居國內(nèi)一流水平。
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消化科 ：在潰瘍病發(fā)病機制研究及治療、早期胃癌的診療等領(lǐng)域居國內(nèi)前列。
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疼痛科 ：北醫(yī)三院的疼痛科在疼痛的診療及研究方面具有悠久歷史和豐富經(jīng)驗，特別是在脊柱關(guān)節(jié)痛、神經(jīng)痛、癌性疼痛的微創(chuàng)介入治療等方面。
這些科室在醫(yī)療、教學和科研方面均處于國內(nèi)領(lǐng)先地位，患者可以根據(jù)自身病情選擇相應(yīng)的科室進行就診。